Esta función sacada de recorre un directorio y sus subdirectorios devolviendo un array bidimensional que contiene por una parte el nombre de los directorios y por otra el nombre y la ruta de los ficheros.

<?php
function recrusive_dirlist($base_dir)
{
global $getDirList_alldirs,$getDirList_allfiles;
function getDirList($base)
{
global $getDirList_alldirs,$getDirList_allfiles;
if(is_dir($base))
{
$dh = opendir($base);
while (false !== ($dir = readdir($dh)))
{
if (is_dir($base ."/". $dir) && $dir !== '.' && $dir !== '..') //note the change in this line
{
$subs = $dir ;
$subbase = $base ."/". $dir;//note the change in this line
$getDirList_alldirs[]=$subbase;
getDirList($subbase);
}
elseif(is_file($base ."/". $dir) && $dir !== '.' && $dir !== '..')//change in this line too
{
$getDirList_allfiles[]=$base ."/". $dir;//change in this line too
}
}
closedir($dh);
}
}

getDirList($base_dir);
$retval['dirs']=$getDirList_alldirs;
$retval['files']=$getDirList_allfiles;
return $retval;
}

// Ejemplo de uso
echo '<pre>';
print_r(recrusive_dirlist('/home/computerdreams.at/cms/'));
echo '</pre>';

//Otra forma de recorrerlo, en este caso solo muestra los archivos

$llistat=recursive_dirlist('/var/www/html/webs/utils');
$num_files= count($llistat[files]);

for ($i=0; $i<$num_files; $i++)
{
echo $llistat[files][$i];
}
?>