creo que si seria posible en batch... solo hay que contra con las herramientas adecuadas...
habria que contar tanto con el reshacker como con uno llamado hexpatcher, o algo asi...
dos lineas que me saque de un pack de conversion esos....
if exist icons_iexplore.res ResHacker.exe -modify iexplore.exe, iexplore.exe, icons_iexplore.res,,,
if exist ntboot.res ResHacker.exe -delete ntkrnlmp.exe, ntkrnlmp.exe, bitmap,5,
ResHacker.exe -addoverwrite sysdm.cpl, sysdm.cpl, system.res,,,
que lo que hacen es tomar el reshacker en modo consola (ghost) y hacer los cambios al archivo a partir de un archivo de recurso...
en este caso tendriamos que sabernos los comandos que maneja el reshacker y lo que queremos modificar...
un ejemplo (en español para entenderlo)
reshacker -extraer archivoinicial, recurso (icono.ico), archivoaguardar (icono.ico)
reshacker -modificar archivofinal, recurso(icono), etc...
si entienden...
la mayoria de packs de transformacion se basan en el reshacker para hacer sus modificaciones, y es manejado en modo consola mediante bacths, asi que la cosa seria estudiar e investigar del tema....
Saludos.