bueno primero que todo debes de fijarte en la sintaxis del comando...
set/p Var1 = Introduzca el valor de la variable 1:
aqui te haria falta un espacio despues de set
set/p Var1
ademas te sugeriria que lo hicieras de esta manera ya que el code se ve mas ordenado...
echo Introduzca el valor de la Variable 1:
echo.
set /p var1="> "
segundo: cuando intentas mostrar una variable en pantalla, o hacer uso de ella debes llamarla entre los simbolos %%, si no no funciona...
if %Var1%==%Var2% (Goto linea4)
y le agregas un else para el caso de que no sean iguales, no se vaya a salir del programa, o para que realice otra accion...
if %Var1%==%Var2% (Goto linea4) else (goto otralinea)
Entendiste ?? si tienes mas dudas, solo pregunta...
Saludos.