Mira como k-lamar dijo anteriormente vuelve a revisar en las propiedades de red de las maquinas ke no te entren al dominio,
propiedades de entorno de red
le haces un doble click a clientes para microsoft redes
y le pones el check a iniciar bajo el dominio, en el espacio le pones el nombre del dominio (el nombre ke le pusiste como nombre netbios en este caso seria administracion creo)
aceptas, aplicas reinicia la maquina y ahora si te va a dar el el login para que inicies bajo el dominio, acuerdate de que antes tienes que tener las cuentas creadas en el controlador de dominio y sus permisos correspondientes.
con respecto a los protocolos, tienes que tener el tcp/ip y si quieres el netbuie
ahora con respecto a lo del servicio de archivos conpartidos lo unico ke tienes que hacer ahi es compartir el recurso que quieras en el servidor y asignarle los permisos correspondiens y usuarios los cuales pueden acceder a estos recurso.
ojala que esto te pueda servir
a todo esto que fabricante y modelo de router tienes?
adios