Recuerda que la mejor forma de hacer upload al servidor es primero subiendolo al directorio /tmp y luego con la funcion copy() lo pasas al directorio definitivo, no se como lo hagas tu.
Respecto al misterio de los archivos que desaparecen, esta raro, no uso windows, asi que no te podria explicar, pero lo que se es que si esta raro.
Bueno, con los arrays, es muy facil (serviria de mucho ojear el manual de PHP
www.php.net).
Los arrays se imprimen como cualquier otra variable
echo "$array[tipo][tipo2]";
Tambien te recomiendo mucho leer scripts y el manual de PHP
flux