Pues todos los lengujes que dices, son diferentes y
cada uno sirve para hacer cosas distintas por ejemplo:
PHP: es un script que se ejecuta en el servidor y tiene
muchisimas opciones, comandos etc aparte de que no es
visible para el cliente en el codigo fuente.
Javascript: es un script que se ejecuta en el navegador
del cliente y es visible para el cliente.
HTML: si quieres hacer un website debes de usarlo ya que
la mayoria de las etiquetas son obligatorias, para que te des
cuenta mira este ejemplo:
<html>
<head>
<title>Hola</title>
<script language="JavaScript">
alert("Hola xD");
</script>
</head>
<body>
<?php
$code = md5("alguncode");
echo "Code MD5 - $code";
?>
</body>
</html>
Lo que hace el script anterior cuando lo abres es mostrar un
mensaje con el texto "Hola", y mostrar la palabra "alguncode"
codificada en MD5
Este ejemplo es para que te des cuenta de que son distintos y
necesarios xD
Saludos
Autor